Die Wassermühle Altona wurde Mitte des 16. Jahrhunderts gebaut, und ihre Gründung beruhte wohl auf einer politischen Entscheidung. Denn nachdem Graf Anton I von Oldenburg 1547 die Burg Delmenhorst von den Münsteranern erobert hatte, kam die Grafschaft Delmenhorst wieder in Oldenburger Besitz. Die Stadt Wildeshausen gehörte aber weiter zum Bistum Münster und war somit quasi Ausland. Weil der Graf seinen Untertanen untersagt hatte, ihr Getreide – wie bisher – in Wildeshausen mahlen zu lassen, ließ er direkt an der Grenze eine Wassermühle errichten. Den Wildeshausern war diese Mühle all zu nah, woraus wahrscheinlich – wie in Hamburg – der Name „Altona“ entstand.

Die Wassermühle kam 1603 in den Besitz des legendären Oldenburger Grafen Anton Günther, während des Dreißigjährigen Krieges wurde sie jedoch in Mitleidenschaft gezogen. Das jetzige Aussehen verdankt sie einer Grunderneuerung im Jahre 1894. Die Mühle war noch bis 1960 in Betrieb. 1984 wurde sie restauriert und zum Gesellschaftsraum des Hotel-Restaurants „Gut Altona“ umgebaut.